Struktur
Die KSJ ist in unterschiedliche Ebenen gegliedert, die jeweils eigene Arbeitsschwerpunkte haben.
Der Verband ist dabei basisdemokratisch organisiert:
Stadtgruppen
Die Basis der KSJ bildet die Stadtgruppe. Diese sind üblicherweise an Schulen angeschlossen, es gibt hier aber auch eine Vielzahl anderer Modelle.
Kern jeder Stadtgruppe ist die Leiterrunde. Die aktiven Leiter*innen treffen sich in regelmäßigen Abständen, um selbstständig gemeinsame Veranstaltungen zu entwickeln und zu planen. Die Mitglieder der Stadtgruppe werden mit zunehmendem Alter von Teilnehmenden immer mehr zu Leiter*innen der Veranstaltungen und übernehmen entsprechende Verantwortung. Dabei werden sie in der Regel von einer Vertrauensperson, etwa einem*r Lehrer*in unterstützt.
Die Stadtgruppe bietet dabei einen Raum, in dem eigene Ideen verwirklicht werden können, dementsprechend vielfältig sind die Aktionen - Von regelmäßigen Gruppentreffen („Gruppenstunden“) mit wechselndem Programm über Wochenendfahrten, der Teilnahme an Demonstrationen, bis hin zu großen Sommerlagern ist alles möglich was im Rahmen der Gruppe machbar ist. Die Angebote richten sich zuerst an KSJler*innen, aber selbstverständlich sind alle Willkommen.
Eine Besonderheit sind die Schüler*innencafes. An Schulen oder in Eigenregie werden hier von KSJler*innen Cafés betrieben, die offene Angebote für Besucher*innen anbieten.
Diözesanebene
Alle Ortsgruppen eines Bistums schließen sich zur Diözesanebene zusammen. Delegierte aus den Gruppen kommen auf Diözesankonferenzen zusammen, um sich miteinander auszutauschen, ortsgruppenübergreifende Veranstaltungen zu planen und gemeinsame Positionen zu erarbeiten. Zudem wählen die Delegierten dort ihre Diözesanleitung. Die Diözesanleitung ist für die Umsetzung der gefassten Beschlüsse und die Arbeit der Diözesanebene zuständig. Sie unterstützt Stadtgruppen bei Problemen und vertritt die KSJ nach außen, z.B. gegenüber dem Bistum oder dem BDKJ.
Außerdem werden auf Diözesanebene die Ausbildungskurse für neue Leiter*innen organisiert. Einige Diözesen haben eigene Büros, die die ehrenamtliche Leitung unterstützen. Eine aktuelle Übersicht aller KSJ Diözesanverbände ist unter „Unsere Diözesen“ zu finden.
Diözesanverbände können sich zudem in Regionen zusammenschließen und sich so weiter untereinander vernetzen. Besonders fortgeschritten ist dieses Modell in Bayern, in dem sich die KSJ-Diözesanverbände mit der jungen Gemeinschaft christlichen Lebens (J-GCL) zur LAG Bayern zusammengeschlossen haben.
Bundesebene
Die Bundesebene ist der Zusammenschluss der Diözesanverbände Deutschlands. Das höchste beschlussfassende Gremium der KSJ ist die Bundeskonferenz. Dort kommen Delegierte aus dem ganzen Bundesgebiet zusammen. Auf der Bundeskonferenz werden die politischen Positionen der KSJ verabschiedet, es werden bundesweite inhaltliche Ausschüsse eingerichtet und gemeinsame Veranstaltungen beschlossen.
Auf der Bundeskonferenz wird zudem die Bundesleitung gewählt. Diese besteht aus der Geistlichen und Politischen Leitung und hat ihren Dienstsitz in Köln. Die Bundesleitung trägt Sorge dafür, die gefassten Beschlüsse auch umgesetzt werden. Sie unterstützt Diözesanverbände bei Problemen und repräsentiert die KSJ nach außen gegenüber kirchlichen und gesellschaftlichen Akteuren. Zudem begleitet die Bundesleitung inhaltliche Arbeitsgruppen, die sich etwa mit der Planung von Bundesveranstaltungen oder der Nachhaltigkeit im Jugendverband befassen.
Daneben treffen sich die Diözesanleitungen auf den Bundesräten zu gemeinsamen Beratungen, um Entscheidungen auch während des Jahres zu treffen.